蛋白质组学与生物信息学杂志
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Flow And：流式细胞术数据分析的综合计算框架

Anna-Maria Lahesmaa-Korpinen、Sari E. Jalkanen、Ping Chen、Erkka Valo、Javier Núñez-Fontarnau、Ville Rantanen、Ali Oghabian、Jukka Vakkila、Kimmo Porkka、Satu Mustjoki 和 Sampsa Hautaniemi

流式细胞术是基础研究和诊断中广泛使用的高通量测量技术。最近，流式细胞术实验产生的数据量不断增加，无论是样本数量还是每个细胞测量的参数数量。这些高度多元的数据集已经变得太大，无法与主要依赖于手动分析的工具一起使用。我们已经实现了一个计算框架（FlowAnd），旨在分析和集成大规模、多色流式细胞术数据。该工具实现了数据导入方法、各种转换、用于自动聚类的多种聚类算法、可视化工具以及简单的统计测试。我们将 FlowAnd 应用于来自 37 名接受两种激酶抑制剂治疗的慢性粒细胞白血病患者的磷酸蛋白质组学数据集。我们的结果表明使用三种聚类算法的自动门控与手动门控之间具有高度一致性。对 70 多个流式细胞术实验的分析证明了 FlowAnd 功能在大规模流式细胞术数据分析中的实用性，例如用于快速验证聚类结果的图形工具。FlowAnd 框架可以对多维流式细胞术实验进行准确、快速且有据可查的分析。它提供了多种用于自动门控的聚类算法，可以在适合高性能计算的环境中添加各种编程语言（例如 Java、R、Python 或 MATLAB）的新颖工具。FlowAnd 还可以轻松修改以符合各种标记面板和参数设置。流和，