蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

微生物群落中表达的孤儿蛋白的计算模型的功能见解

Korin E. Wheeler、Adam Zemla、Yongqin Jiao、Daniela S. Aliaga Goltsman、Steven W.Singer、Jillian F. Banfi eld 和 Michael P. Thelen

环境基因组学蛋白质组学数据中大量存在与实验表征的蛋白质不同源的蛋白质。我们通过研究高度受限的生态位中的天然微生物群落来解决这个问题领域，其中关键作用可能是由未知功能的蛋白质（ORFans）发挥的。根据多项标准，这些蛋白质与 SwissProt 数据库中的任何蛋白质序列在统计上都不相似。我们选择了一组由 545 个 ORF 和弱注释蛋白质组成的目标集，这些蛋白质由该群落的主要细菌成员钩端螺旋菌 II 组表达，并使用自动建模系统 (AS2TS) 与其他计算工具相结合来预测结构。这生成了 484 个模型，占目标集的 89%。基于结构的超家族，一般功能分类，分别预测了 424、386 和 117 个 ORFans 的特定基因本体 (GO) 功能。结构预测和分类被整合到手动管理的数据库中，概述了每种蛋白质的计算机计算和可用的蛋白质组数据。该分析促进了对几种神秘蛋白质的可实验测试假设的发展，包括铜转运蛋白和环状二鸟苷酸信号蛋白的可靠预测。随着自然生物体 DNA 测序的迅速扩展，这种计算结构-功能方法可用于指导具有挑战性的 ORFans 的结构和功能的实验测试。结构预测和分类被整合到手动管理的数据库中，概述了每种蛋白质的计算机计算和可用的蛋白质组数据。该分析促进了对几种神秘蛋白质的可实验测试假设的发展，包括铜转运蛋白和环状二鸟苷酸信号蛋白的可靠预测。随着自然生物体 DNA 测序的迅速扩展，这种计算结构-功能方法可用于指导具有挑战性的 ORFans 的结构和功能的实验测试。结构预测和分类被整合到手动管理的数据库中，概述了每种蛋白质的计算机计算和可用的蛋白质组数据。该分析促进了对几种神秘蛋白质的可实验测试假设的发展，包括铜转运蛋白和环状二鸟苷酸信号蛋白的可靠预测。随着自然生物体 DNA 测序的迅速扩展，这种计算结构-功能方法可用于指导具有挑战性的 ORFans 的结构和功能的实验测试。包括铜转运蛋白和环状二鸟苷酸信号蛋白的可靠预测。随着自然生物体 DNA 测序的迅速扩展，这种计算结构-功能方法可用于指导具有挑战性的 ORFans 的结构和功能的实验测试。包括铜转运蛋白和环状二鸟苷酸信号蛋白的可靠预测。随着自然生物体 DNA 测序的迅速扩展，这种计算结构-功能方法可用于指导具有挑战性的 ORFans 的结构和功能的实验测试。