园艺学杂志
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高等植物 mRNA 剪接变异体的全基因组分析

李英、郭千欢、郑成超、张世忠*、颜康*

选择性剪接 (AS) 从单个前体转录本产生多个 mRNA 剪接变体。最近的基因组测序分析和越来越多的开花植物实验证据表明，AS 比之前认为的更为普遍，并且在基因调控的多样化中发挥着至关重要的作用。尽管进行了大量研究，但从全球角度来看，植物中 mRNA 变异的程度和复杂性仍然很少被描述。在本研究中，研究了来自 12 个植物物种的 442,541 个注释基因的 589,034 个 mRNA 变体。所有AS基因根据mRNA变体的数量分为四组，即2V（两个变体）、3V（三个变体）、4V（四个变体）和5V+（五个或更多变体）。有趣的是，我们的分析表明，超过 50% 的 AS 基因在高等植物中仅产生两种变异。对基因结构的整体分析表明，随着 mRNA 变体数量的增加，AS 基因包含更多但更短的外显子和内含子。结果还表明，AS 对转录组和蛋白质组多样性的改善产生不同的影响。总而言之，跨物种分析提供了迄今为止在高等植物中最全面的注释剪接变体集，并扩展了当前关于 mRNA 变体的观点。