蛋白质组学与生物信息学杂志
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用于区分螺杆菌物种的基因组甲基化状态：生物信息学方法

菲利帕·F·维尔 (Filipa F. Vale) 和豪尔赫·MB·维托 (Jorge MB Vítor)

螺杆菌属包括数种胃和肠肝肠道细菌。幽门螺杆菌是该属的模式种，与人类胃炎、消化性溃疡和胃癌有关。幽门螺杆菌基因组具有大量限制和修饰（RM）系统，其多样性对于菌株分型很有用。为了分析如此大量表达的甲基转移酶是否是螺杆菌属的特征，五种非幽门螺杆菌的基因组甲基化。测定了（加拿大嗜血杆菌、犬嗜血杆菌、猫嗜血杆菌、鼬嗜血杆菌和鸡白嗜血杆菌）。结果显示，非幽门螺杆菌中 RM 系统的数量。小于在一组 221 个幽门螺杆菌菌株中观察到的值 (p<0,001)，但大于在所有细菌测序基因组平均值中观察到的值 (p=0,005)。幽门螺杆菌测序菌株和五种非幽门螺杆菌属的 16S 核糖体 RNA 分析。清楚地分离出幽门螺杆菌物种。令人惊讶的是，MCRM 算法对基因组甲基化状态的分析表现相似。这表明 RM 系统似乎不会以多种方式传播，甚至这些基因可能会被获得和丢失；它们的表达仍然可以区分螺杆菌属。