免疫组学研究
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基于 SH 基因的腮腺炎病毒基因分型：使用免比对和基于比对的方法开发服务器

Pandurang S Kolekar、Mohan M Kale、Urmila Kulkarni-Kale

背景
流行性腮腺炎是由副粘病毒科鲁布病毒属成员腮腺炎病毒 (MuV) 引起的一种急性传染性儿童疾病。根据小疏水性 (SH) 基因的遗传变异性，目前 MuV 已分为 12 种已确认的基因型（称为 AL）和一种拟议的基因型（M）。尽管疫苗接种计划取得了成功，但仍观察到少数基因型在接种疫苗的人群中共同传播人口。此外，据报道，不同基因型之间缺乏交叉保护，因此，作为流行病学监测的一部分，世卫组织建议对 MuV 进行基因分型。目前，基因分型是使用 SH 基因的分子系统发育分析 (MPA) 进行的，并且没有适用于 MuV 的基因分型服务器。本研究报告了基因分型服务器的开发，该服务器采用了三种独立的方法。
结果
开发了用于腮腺炎病毒基因分型的服务器，并在 http://bioinfo.net.in/muv/homepage.html 上提供。基于 RTD 的免比对方法最初是为 MPA 开发的，并首次应用于 MuV 的基因分型。在参考数据集和测试数据集上使用留一法交叉验证方法进行测量时，发现准确率为 98.95%。除了 RTD 之外，该服务器还实现了 BLAST 和 MPA，用于 MuV 基因分型。从共识预测中可以看出，所有三种方法都高度可靠。
结论
使用已知基因型的 SH 基因序列开发和验证了用于 MuV 基因分型的服务器，该服务器实施基于序列的生物信息学方法。该服务器将有助于流行病学监测以及监测 MuV 基因型在地理区域内和跨地理区域的传播。这也将促进腮腺炎病毒的系统动力学研究。