蛋白质组学与生物信息学杂志
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GPDE：骄傲的生物学观点

约翰内斯·格里斯和克里斯托弗·格纳

如果不广泛使用荟萃分析，临床蛋白质组学是不可想象的。2005 年，通过开发蛋白质组学识别数据库引擎 (PRIDE) 扩展标记语言 (XML) 数据格式，创建了用于蛋白质组学数据发布的标准化数据格式。在这里，我们介绍 Griss 蛋白质组数据库引擎（GPDE，http://www.griss.co.at/?GPDE）：一种基于网络的开源生物信息学工具，它利用这种标准化数据格式的可能性来创建基于生物学的数据对无限数量的蛋白质组学实验进行荟萃分析。其目标是 (1) 与 PRIDE XML 数据模式完全兼容，（2）基于特殊定义的“细胞类型”整合不同实验或项目的数据，从而消除不同实验之间的“边界”；（3）提供直观的网络界面来访问数据，否则只能通过复杂的查询来访问。GPDE 是免费软件，可根据通用公共许可证（AGPL，http://www.fsf.org/licensing/licenses/agpl-3.0.html）的条款下载。GPDE 目前由维也纳医科大学临床蛋白质组学实验室 (CPL/MUW) 使用（可从 http://www .meduniwien.ac.at/proteomics/database 获取）。GPDE 有三种不同的使用方式：1) 作为多种西方分析的计算机替代方案；2) 提供对细胞蛋白质组参考图谱的便捷访问；3) 可靠地支持对候选生物标志物特异性的评估。