生物化学与药理学：开放获取
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高分辨率熔解打字 (hrmt) 适用于医院实时监控

马泰奥·佩里尼

医疗保健相关感染是全世界公共卫生的主要负担。医院监测是控制医院环境中病原体传播的最有效策略之一。多位点序列分型（MLST）和全基因组测序（WGS）是医院病原体分型的常用方法。这些方法是昂贵的和/或耗时的和/或需要专门技能。这限制了它们在医院实时监控项目中的应用。高分辨率熔解 (HRM) 是一种基于 PCR 的方法，可根据熔解温度区分扩增子。因此，针对病原体高变基因设计的 HRM 方案可用于区分克隆：这种方法称为 HRM 分型或 HRMT。在高变基因上设计引物具有挑战性，因此我们开发了 EasyPrimer：一个网络工具，能够识别最适合 HRM 引物设计的区域。从医院分离株的 HRMT 表征中获得的解链温度可用于识别克隆并进行传播分析。为了促进这一步骤，我们开发了 MeltingPlot：一款用户友好的网络工具，专为医院环境中的 HRMT 应用而设计。我们针对肺炎克雷伯菌验证了这种 HRMT 方法。我们使用 EasyPrimer 开发了 HRMT 方案，并使用 HRMT、MLST 和 WGS 在一家意大利医院进行了监测分析。这三种方法识别出高度相似的肺炎克雷伯菌簇。考虑到 HRMT 比 MLST 和 WGS 更快（约 5 小时）且更便宜（每个分离株约 5 欧元），这一结果清楚地表明 HRMT 适合医院环境中的实时监测项目。