蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

利什曼原虫LPG2蛋白同源建模及功能分析

Ganesh Chandra Sahoo、Manas Ranjan Dikhit、Mukta Rani 和 Pradeep Das

由于耐药性利什曼病的问题仍然存在，对利什曼原虫菌株不同必需蛋白的建模和分析将帮助我们进一步发现新的先导化合物。脂磷酸聚糖 2 (LPG2) 蛋白是利什曼原虫整个生命周期发育所必需的，包括对哺乳动物宿主的毒力。LPG2 参与特殊的毒力途径，这可能为化疗提供有吸引力的靶点。以不同转运蛋白的X射线结构为模板，通过比较蛋白质建模原理，构建了5种利什曼原虫LPG2的同源模型。由此产生的模型具有正确的立体化学（根据 Ramachandran 图衡量）以及良好的三维 (3-D) 结构兼容性（根据 Procheck 和 Profiles-3D 分数评估）。通过 SVM 对利什曼原虫菌株 LPG2 蛋白的功能分配表明，除了转运蛋白活性外，它还具有多种新功能，例如铁结合、钠结合、铜结合。它还属于主要促进子家族 (MFS) 和 II 型（一般）分泌途径 (IISP) 家族的蛋白质。已使用不同程序在不同利什曼原虫菌株的 LPG2 蛋白中鉴定出重要的功能基序。已使用 Pocket Finder 程序鉴定了这些菌株的 LPG2 蛋白中的潜在配体结合位点 (LBS)。根据配体结合位点的结构，可以设计特定的LPG2抑制剂。杜诺瓦尼乳杆菌、大乳杆菌、婴儿乳杆菌、巴西乳杆菌和巴西乳杆菌LPG2的分子结构、功能的相似性及LBS的差异。