蛋白质组学与生物信息学杂志
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基于基因表达数据的乳腺癌通路鉴定

Elham Musa Abdeljalil1*、Murtada K. Elbashir2、Abdallah Osman Akode3

通路富集分析可帮助研究人员获得对基因组规模实验（组学）生成的基因列表的机械见解。在这项工作中，我们使用乳腺癌基因表达数据来识别遗传途径。该通路是使用 PathfindR 工具基于 KEGG（京都基因和基因组百科全书）和 GO-ALL（基因本体论）进行的。使用 R studio 程序从泛癌症图谱下载基因表达数据。对下载的基因表达数据进行预处理步骤。这些步骤如下：首先，去除离群样本；其次，去除离群样本；对数据应用标准化过程。第三，对数据进行过滤处理。DESeq2包用于查找差异表达基因（DEG）。此后，我们还使用pathfindR软件进行富集分析，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络以检测活跃子网络。结果表明，GO 和 KEGG 通路上分别有 73 个、63 个顶级通路与我们的差异表达基因相关。此外，与我们的 BRCA 相关的顶级基因包括 NUP214、NUP62、NUP93、SUMO3、EIF2B1、EIF4A3、RNPS1 和 SRRM1。