免疫组学研究
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从抗原的一级序列鉴定抗原中的构象 B 细胞表位

希夫祖尔·拉赫曼·安萨里

背景：疫苗设计领域的主要挑战之一是预测抗原中的构象 B 细胞表位。过去，已经开发了几种方法来根据抗原的三级结构预测抗原中的构象 B 细胞表位。这是该领域首次尝试根据氨基酸序列预测抗原中的构象 B 细胞表位。结果：所有支持向量机 (SVM) 模型均在由 B 细胞表位的 2261 个抗体相互作用残基组成的 187 条非冗余蛋白链上进行训练和测试。模型是使用二元模式谱 (BPP) 和理化模式模式 (PPP) 开发的，最大 MCC 分别为 0.22 和 0.17。在这项研究中，首次使用模式组合轮廓 (CPP) 开发 SVM 模型，并实现最大 MCC 0.73，准确度 86.59%。我们将基于 CPP 的模型与现有的基于结构的方法进行比较，并观察到我们基于序列的模型与基于结构的方法一样好。结论：这项研究表明，根据一级序列预测抗原中的构象 B 细胞表位是可能的。这项研究对于预测三级结构不可用的抗原中的构象 B 细胞表位非常有用。已开发出用于预测 B 细胞表位的网络服务器 CBTOPE http://www.imtech.res.in/raghava/cbtope/。我们将基于 CPP 的模型与现有的基于结构的方法进行比较，并观察到我们基于序列的模型与基于结构的方法一样好。结论：这项研究表明，根据一级序列预测抗原中的构象 B 细胞表位是可能的。这项研究对于预测三级结构不可用的抗原中的构象 B 细胞表位非常有用。已开发出用于预测 B 细胞表位的网络服务器 CBTOPE http://www.imtech.res.in/raghava/cbtope/。我们将基于 CPP 的模型与现有的基于结构的方法进行比较，并观察到我们基于序列的模型与基于结构的方法一样好。结论：这项研究表明，根据一级序列预测抗原中的构象 B 细胞表位是可能的。这项研究对于预测三级结构不可用的抗原中的构象 B 细胞表位非常有用。已开发出用于预测 B 细胞表位的网络服务器 CBTOPE http://www.imtech.res.in/raghava/cbtope/。