蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

通过人类磷酸化蛋白质组的综合计算和实验分析鉴定新型磷酸化基序

Ramars Amanchy、Kumaran Kandasamy、Suresh Mathivanan、Balamurugan Periaswamy、Raghunath Reddy、Wan-Hee Yoon、Jos Joore、Michael A Beer、Leslie Cope 和 Akhilesh Pandey

蛋白质磷酸化发生在某些仍不完全了解的序列/结构背景中。磷酸化残基周围的氨基酸对于确定激酶与蛋白质序列的结合很重要。磷酸化后，这些序列还决定与磷酸化序列特异性结合的某些结构域的结合。迄今为止，此类“基序”已通过对有限数量的已明确鉴定的激酶底物进行比对来鉴定。结果：使用人类蛋白质参考数据库中实验确定的磷酸化位点，通过计算方法鉴定了 1,167 个新的丝氨酸/苏氨酸或酪氨酸磷酸化基序。我们能够根据这些新基序在已知磷酸肽数据集中相对于人类蛋白质组中磷酸丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸肽的富集度，对这些新基序进行统计验证。有 299 个新的丝氨酸/苏氨酸或酪氨酸磷酸化基序被发现具有统计显着性。自从我们开始分析以来，我们通过计算确定的几个新基序随后出现在实验确定的磷酸化位点的大型数据集中。使用肽微阵列平台，我们通过实验评估了酪蛋白激酶 I 磷酸化本研究中发现的新基序的子集的能力。我们的结果表明，通过大型磷酸化数据集识别新的磷酸化基序是可行的。我们的研究还建立了肽微阵列作为高通量激酶测定和共有基序验证的新平台。最后，磷酸化基序的扩展目录应有助于信号转导途径中磷酸化网络的系统研究。