蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

通过微阵列数据的跨物种矩阵分解识别保守和发散的转录模块

李怀和詹明

基因表达的跨物种比较配置文件可以破译细胞的基本和物种特异性转录程序，并提供对基因组和遗传网络的组织和进化的洞察。在这里，我们提出了一种算法，用于比较来自不同物种的微阵列数据，以解开在进化过程中保守或发散的转录模块。所提出的算法基于跨物种矩阵分解，包括非线性独立分量分析，然后对来自不同物种的微阵列数据进行广义概率稀疏矩阵分解。所提出的算法捕获可能由基因之间高度非线性相互作用产生的转录模块性，并将基因划分为互不排斥的转录模块。保守的转录模块是通过与跨物种共享的主要生物原型相关的潜在变量来识别的。我们通过对人类和小鼠的分析来说明所提出的算法的应用胚胎干细胞（ESC）数据。该分析揭示了 ESC 转录组中保守且不同的转录模块，有助于理解控制 ESC 发育的基本和物种特异性调控机制。