免疫组学研究
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抽象的

泛伯克霍尔德杆菌生物防御疫苗的免疫原性共识序列 T 辅助表位

安妮·S·德·格鲁特、马修·阿迪托、伦纳德·莫伊斯、埃里克·A·古斯塔夫森、丹尼斯·斯佩罗、格洛丽亚·特哈达、威廉·马丁

背景：需要针对 B 类生物恐怖分子鼻疽伯克霍尔德杆菌 (BPM) 和鼻疽伯克霍尔德杆菌 (BM) 的生物防御疫苗，因为恐怖分子很容易获得它们，并且具有很强的武器化潜力。洋葱伯克霍尔德菌 (BC) 是一种相关病原体，可引起囊性纤维化患者的慢性肺部感染。由于 BPM、BM 和 BC 都是细胞内细菌，因此它们是 T 细胞疫苗的绝佳靶标。然而，现有的基因组数据数量庞大，需要免疫信息学的帮助来进行疫苗设计。使用 EpiMatrix、ClustiMer 和 EpiAssembler（一套免疫信息疫苗设计工具），我们筛选了 31 个可用的伯克霍尔德杆菌基因组，并对我们的选择进行了初步测试，这些基因组是针对伯克霍尔德杆菌物种的基于表位的多病原体疫苗的候选者。结果：对 31 个伯克霍尔德杆菌基因组的免疫信息学分析产生了 350,004 个 9 聚体候选疫苗肽，其中 133,469 个在 10 个 BM 基因组中具有完美保守性，175,722 个在 11 个 BPM 基因组中具有完美保守性，40,813 个在 10 个 BC 基因组中具有完美保守性。使用 EpiMatrix 进一步筛选得到 54,010 个高分 II 类表位；这些被组装成 2,880 个更长的高度保守的“免疫原性共有序列”T 辅助表位。体外100%的肽与至少一个HLA II类等位基因结合，92.7%与至少两个等位基因结合，82.9%与三个等位基因结合，75.6%的结合结果与免疫信息学分析一致。结论：我们的结果表明，可以快速识别多个伯克霍尔德氏菌物种中保守的混杂 T 辅助表位，并在体外测试它们与 HLA 配体的结合。我们流程的下一步将是使用来自 BC、BPM 感染人类的​​外周白细胞离体测试表位，并在人类 HLA 转基因小鼠中测试免疫原性。我们预计这种方法将导致开发一种可许可的泛伯克霍尔德氏菌生物防御疫苗。