免疫组学研究
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H5N1 蛋白质组的免疫信息学分析，用于设计表位衍生疫苗并预测印度尼西亚人群中针对禽流感病毒的现有细胞介导免疫的流行情况

玛西娅·古斯蒂安南达

背景甲型流感病毒 H5N1 在印度尼西亚家禽中的持续存在，以及该病毒的人类感染数量不断增加，表明存在与印度尼西亚其他流行的甲型流感亚型发生重组事件的风险。在缺乏针对新出现毒株的交叉保护性抗体的情况下，细胞免疫的存在可能会将流感疾病降低至亚临床水平，并可能抑制流感大流行。这项研究评估了针对此类假设的新出现的甲型流感病毒株的可能交叉保护性 T 细胞介导的免疫程度。评估了印度尼西亚 H5N1 分离株的所有 11 种蛋白质序列是否存在受印度尼西亚 HLA 类型限制的 T 细胞表位。
结果在 4433 种可能的九聚物肽中，NetCTLpan 预测 225 种为良好的 CTL 表位（得分 < 1%），并且 IEDBann 和 netMCann 对 HLA 分子具有强结合亲和力（IC50 < 50 nM）。表位保守分析显示，至少 60% 的 H5N1 印度尼西亚分离株含有这 225 个肽组的相同序列。69 种肽对 H5N1 具有特异性，156 种肽与其他亚型有交叉反应。大量 (184) 的肽与多个 HLA 等位基因结合（混杂）。爆炸分析表明，大多数（213）肽与人类自身肽不具有相似性，如果用于疫苗接种，可能会诱导自身免疫。某些肽可以作为 HLA II 类分子的核心，有些肽与假定的线性 B 细胞表位叠加。
结论定期接触季节性甲型流感可能确保对 H5N1 和大多数重配突变体产生一定程度的交叉保护性免疫力。识别这种可能存在交叉反应的 T 细胞表位可能有助于衡量潜在爆发的威胁并构建可以遏制它们的疫苗。