Christian Garde、Ramarathinam H、Emma C Jappe、Morten Nielsen、Jens V Kringelum、Thomas Trolle 和 Anthony W Purcell
主要组织相容性复合物 (MHC) II 类抗原呈递是引发 CD4+ T 细胞反应的关键组成部分。因此，肽-MHC (pMHC) 相互作用的精确预测已成为确定合理疫苗设计候选表位的基石。到目前为止，当前的 pMHC 预测工具主要集中于体外结合亲和力的推断。在当前的研究中，我们整理了大量通过质谱法产生的 MHC II 类洗脱配体，以指导 MHC II 类抗原呈递的预测。我们证明，基于洗脱配体开发的模型优于基于 pMHC 结合亲和力数据开发的模型。
通过将洗脱的配体和 pMHC 亲和力数据组合在单个预测模型中，可以进一步增强预测性能。此外，通过包含配体数据，预测模型可以准确地了解 MHC II 类的肽长度偏好。最后，我们证明我们的模型在洗脱配体的外部数据集上显着优于当前最先进的预测方法 NetMHCIIpan，并且在识别 CD4+ T 细胞表位方面表现出优越性。