蛋白质组学与生物信息学杂志
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使用新的 MS/MS 谱图预处理数据挖掘框架改进磷酸肽/蛋白质鉴定

Fabio R. Cerqueira、Sandra Morandell、Stefan Ascher、Karl Mechtler、Lukas A. Huber、Bernhard Pfeifer、Armin Graber、Bernhard Tilg 和 Christian Baumgartner

使用串联质谱法鉴定磷酸肽/蛋白质（MS/MS）是蛋白质组学研究中的一个具有挑战性的问题。特别地，当丝氨酸或苏氨酸被磷酸化时，磷酸肽通常在光谱中表现出b和y离子的低强度峰。因此，现有的肽和蛋白质识别算法在处理磷酸肽光谱时会产生很高的错误发现率。为了增加使用数据库搜索正确识别磷酸肽的数量，提出了一种新的光谱预处理数据挖掘方法。支持向量机分类器用于计算代表 ab 或 y 离子的每个峰的概率。接下来，从光谱中去除低概率峰，同时增强剩余峰的强度。因此，信噪比大幅提高，检测重要峰值的机会也显着提高。使用 MASCOT 和 SEQUEST 以及 Peptide/ProteinProphet 和诱饵数据库方法进行的实验表明，在不影响特异性的情况下，磷酸肽鉴定的灵敏度显着提高，这表明我们的 MS/MS 谱图预处理新策略是增强磷酸肽鉴定的强大蛋白质组学工具。