蛋白质组学与生物信息学杂志
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使用压力辅助蛋白质提取改进档案组织的蛋白质组分析：机械方法

卡罗尔·B·福勒、蒂莫西·J·奥利里和杰弗里·T·梅森

甲醛固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织库是疾病进展和治疗反应回顾性研究的宝贵资源。然而，甲醛诱导的蛋白质修饰阻碍了 FFPE 组织的蛋白质组分析，这降低了蛋白质提取效率，并可能导致蛋白质错误识别。在这里，我们展示了使用高静水压 (40,000 psi) 增强热作为从 FFPE 组织中回收完整蛋白质的新方法。我们的实验室采用机械方法来开发改进的蛋白质提取方案，首先研究甲醛与蛋白质的反应以及逆转这些反应的方法，然后将该方法应用于称为“组织替代物”的模型系统，它是用甲醛处理高浓度的细胞质蛋白，最后处理 FFPE 小鼠肝组织形成的凝胶。我们的研究表明，高压通过水合和促进高度聚集的蛋白质溶解，从而允许随后逆转（通过水解）甲醛诱导的蛋白质加合物和交联，从而提高 FFPE 组织替代物中蛋白质的回收率。当使用加热和高压提取 FFPE 小鼠肝脏时，与使用 FFPE 提取的匹配组织相比，蛋白质提取效率提高了 4 倍，质谱鉴定的非冗余蛋白质数量增加了 30 倍。单独加热。更重要的是，FFPE 组织中鉴定出的非冗余蛋白质的数量几乎与相应的冷冻组织相同。