蛋白质组学与生物信息学杂志
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肠杆菌中碱性休克蛋白的计算机分析

Seetharaaman Balaji、V. Murali Krishnan

碱性休克蛋白 (ASP) 适应非典型条件，属于小蛋白家族。许多细菌中都含有碱性休克蛋白，它们参与应激反应。细菌在生长受到抑制的极端条件下生存的分子基础是当前备受关注的问题。进行了一项初步研究，以确定肠道细菌的碱性休克蛋白之间的残留模式保守性，该蛋白负责极端的碱性耐受性，特别是在葡萄球菌和链球菌中。解密，碱性休克蛋白中是否隐藏着什么秘密？采用生物信息学方法，分子证据证明了葡萄球菌和链球菌与 ASP 之间的关系。序列，结构和系统发育分析推断了各种细菌与 ASP 保守基序 (VDNNKAK) 的关系。对各种细菌进行了 172 个同源 ASP 的自动子系统功能注释。目前 ASP 的结构在蛋白质数据库 (PDB) 中不可用。由于葡萄球菌物种形成了系统发育树的根部，因此对金黄色葡萄球菌（牛 RF122 株）的结构进行了建模，以便进一步了解其结构和机制。