免疫组学研究
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抽象的

HLA-Cw*0401 呈现的免疫原性表位的计算机表征

Joo Chuan Tong、Zong Hong Chang、J Thomas August、Vladimir Brusic、Tin Wee Tan 和 Shoba Ranganathan

背景：HLA-C 基因座产物我们知之甚少，部分原因是它们在细胞表面的低表达。最近的数据表明，这些分子是人类免疫缺陷病毒 1 型 (HIV-1) 细胞毒性 T 淋巴细胞 (CTL) 表位的主要限制元件。我们在这里报告了一种基于结构的技术，用于预测与 Cw*0401 结合的肽。这些模型使用从生化研究中获得的经过实验验证的 Cw*0401 结合肽和非结合肽进行了严格的训练、测试和验证。一种新的评分方案有助于根据 30 个氨基酸窗口内前四种结合物的预测结合能总和，识别抗原内的免疫热点。结果：在训练测试中实现了高预测性（r2 = 0.88，s = 3.56 kJ/mol，q2 = 0.84，spress = 5。18 kJ/mol）和测试（AROC = 0.93）数据集。预测的 Cw*0401 结合序列的表征表明，关键锚定位置的氨基酸具有共同的物理化学特性，这与现有的实验研究密切相关。结论：对预测的 Cw*0401 结合肽的分析表明，锚定残基可能不是限制性的，并且 Cw*0401 结合口袋可能容纳具有共同物理化学性质的多种肽。HIV-1 p24gag 和 gp160gag 糖蛋白的潜在 Cw*0401 特异性 T 细胞表位库很好地分布在这两种糖蛋白中，HIV-1 p24gag 和 gp160gag 糖蛋白分别有 13 个和 9 个免疫热点。这些发现为 HLA-C 肽选择性提供了新的见解，