蛋白质组学与生物信息学杂志
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使用牛 αs1 酪蛋白对富含大分子中性氨基酸的蛋白质进行计算机设计，用于治疗苯丙酮尿症

Prakruthi Appaiah 和 Prasanna Vasu

苯丙酮尿症 (PKU) 是一种遗传性疾病，由于苯丙氨酸羟化酶 (PAH) 酶缺陷，身体无法将苯丙氨酸 (Phe) 转化为酪氨酸 (Tyr)，导致血液 Phe 水平升高，造成神经损伤。在所有疗法中，大中性氨基酸 (LNAA) 补充剂已成为 PKU 饮食治疗的一种有前途的方法，其中 LNAA 与 Phe 竞争相同的 L 型大中性氨基酸转运蛋白（LAT1、SLC7A5）。脑屏障，降低脑 Phe 水平。在本研究中，我们以牛αs1酪蛋白为模板，通过同源建模设计了一种富含LNAA（除Phe）的易于消化的蛋白质。我们的挑战是通过寻找合适的支架来承载 LNAAs，以最大化蛋白质模型中的 LNAAs（Phe 除外），从而改变了同源建模的通常概念。使用 SWISS-MODEL、EXPASY、PROFUNC、I-TASSER、RaptorX 和 SAVeS Server 等生物信息学工具进行结构预测和设计蛋白质的验证。在设计的 63 个不同模型中，选择 Protein Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。使用 SWISS-MODEL、EXPASY、PROFUNC、I-TASSER、RaptorX 和 SAVeS Server 等生物信息学工具进行结构预测和设计蛋白质的验证。在设计的 63 个不同模型中，选择 Protein Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。使用 SWISS-MODEL、EXPASY、PROFUNC、I-TASSER、RaptorX 和 SAVeS Server 等生物信息学工具进行结构预测和设计蛋白质的验证。在设计的 63 个不同模型中，选择 Protein Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。和SAVeS Server用于结构预测和设计蛋白质的验证。在设计的 63 个不同模型中，选择 Protein Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。和SAVeS Server用于结构预测和设计蛋白质的验证。在设计的 63 个不同模型中，选择 Protein Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。选择蛋白质 Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。选择蛋白质 Model-54 的依据是与模板的序列相似性 (61.4%)、仅包含 α 螺旋和卷曲而不含 β 折叠的紧凑 3D 结构（QMEAN 得分为 0.567）以及良好的计算机消化率。蛋白质的分子量为12,094.6 Da。Ramachandran 图显示，设计的蛋白质在有利区域包含 89.9% 的氨基酸残基，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。9% 的氨基酸残基位于偏好区域，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。9% 的氨基酸残基位于偏好区域，ERRAT 得分为 88.04。基于这些评估，发现 Protein Model-54 是最好、稳定、可靠的模型，对 PKU 患者可能具有很高的营养意义。