免疫组学研究
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抽象的

HLA-DQ8 免疫原性 T 细胞表位的计算机预测

贾韦德·穆罕默德·汗、高拉夫·库马尔、肖巴·兰加纳坦

背景
d HLA-DQ 等位基因参与超敏反应和自身免疫性疾病的发病机制，其中 HLA-DQ8 与多种人类自身免疫性疾病相关。使用基于序列的计算技术来预测 HLA-DQ8 限制性 T 细胞表位取得了有限的成功，而最近开发的基于结构的模型的准确性和效率需要提高。
结果
我们描述了一种基于结构的组合预测方法，使用最近开发的快速准确的对接协议、pDOCK 和基于分子表面静电势 (MSEP) 的 pMHC 结合界面聚类，进行 DQ8 限制性 T 细胞表位预测。该预测模型使用经过实验验证的 DQ8 结合肽和非结合肽进行了严格的训练、测试和验证。根据独立实验数据（ROC 曲线下平均面积或平均 AROC>0.94）验证了高 MHC 结合预测准确性。我们的模型还可以正确预测所有结合寄存器和已知的 T 细胞激活剂，阳性预测值 (PPV) 为 0.91 或 91%。
结论
我们开发了一种模型，可以成功地用作通用方案，以便于计算机模拟识别 HLA-DQ8 结合肽，从而识别潜在的 DQ8 特异性 T 细胞表位。因此，当前模型适用于从 DQ8 结合肽中筛选潜在的候选疫苗，无论共有肽结合或序列基序如何。我们还展示了不同类别的结合物与非结合物以及不同类别的 pMHC 激动剂与非激动剂的有效区分，同时准确预测 DQ8 限制性肽的结合记录。这种组合方法提供了一套敏感且特定的计算工具，以促进用于免疫治疗应用（例如控制过敏和自身免疫反应）的肽的高通量筛选。