蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

将氨基酸分型纳入核磁共振蛋白质结构分配中

哈利特·埃尔多安和穆罕默德·塞尔坎·阿帕丁

蛋白质结构测定对于了解蛋白质的功能和开发抗疾病药物至关重要。核磁共振 (NMR) 光谱是一种实验技术，可让人们研究溶液中的蛋白质结构。在基于核磁共振结构的分配（SBA）问题中，目标是通过使用模板蛋白将实验观察到的峰分配给目标分子的特定核，这是一个重要的计算挑战。NVR 是一个 NMR SBA 框架，其中组合了多种类型的 NMR 数据来计算分配。在本文中，我们研究了将其他数据源合并到 NVR 中的效果。我们添加了两种类型的数据，15N​​ 和 HN 以外的原子的化学位移，或 HADAMAC 实验。我们使用了氨基酸分型软件 Craack，它可以获取 C 的化学位移，N 和 H 原子，并返回可能的氨基酸及其置信度得分。这种方法提高了分配的准确性。有助于预测每个峰的氨基酸类别的 HADAMAC 实验也被纳入 NVR，提高了分配的准确性。