蛋白质组学与生物信息学杂志
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幽门螺杆菌 VacA 毒素抑制剂的设计

Pasala Chiranjeevi、Sandeep Swargam、Natarajan Pradeep、Kanipakam Hema、Katari Sudheer Kumar、Nalamolu Ravina Madhulitha 和 Amineni Umamaheswari

空泡细胞毒素自转运蛋白由幽门螺杆菌分泌，被认为是发病机制中重要的独特毒力因子。VacA 毒素是一种 140 kDa 的原毒素，包含 1287 个氨基酸，经过 N 端和 C 端裂解产生由 1-821 个残基 (p88) 组成的成熟 88 kDa 毒素。此外，成熟的毒素对于活性 VacA 的功能至关重要，并粘附在质膜上形成阴离子通道，导致病原体进入，形成易于在人类胃粘膜中形成菌落的液泡。从而引起难以耐受的胃炎、消化性溃疡、MALT淋巴瘤、腺癌等慢性后遗症。VacA毒素受到了极大的关注并被选为药物靶点来设计潜在的抑制剂。使用 Maestro v9.8 中的蛋白质制备向导制备并最小化 VacA p55 结构域的晶体结构。在 p55 结构域的 p33 结合位点上生成网格，这对于 VacA 粘附到上皮膜上很重要。使用 Glide v6.3 与准备好的包含 100 万种化合物的内部库进行刚性受体对接。随后，使用 Prime/MM-GBSA 进行 QPLD 和 IFD 来预测结合自由能分数。QPLD 对接复合物的结合自由能 (ΔG) 为 -48.286 kcal/mol。在 50 ns 分子动力学模拟运行期间，对接复合物显示出具有 1 个氢键、3 个水介导的相互作用的稳定性，能量最低。因此，所提出的先导化合物代表了 VacA 抑制剂开发的新的有价值的起点。在 p55 结构域的 p33 结合位点上生成网格，这对于 VacA 粘附到上皮膜上很重要。使用 Glide v6.3 与准备好的包含 100 万种化合物的内部库进行刚性受体对接。随后，使用 Prime/MM-GBSA 进行 QPLD 和 IFD 来预测结合自由能分数。QPLD 对接复合物的结合自由能 (ΔG) 为 -48.286 kcal/mol。在 50 ns 分子动力学模拟运行期间，对接复合物显示出具有 1 个氢键、3 个水介导的相互作用的稳定性，能量最低。因此，所提出的先导化合物代表了 VacA 抑制剂开发的新的有价值的起点。在 p55 结构域的 p33 结合位点上生成网格，这对于 VacA 粘附到上皮膜上很重要。使用 Glide v6.3 与准备好的包含 100 万种化合物的内部库进行刚性受体对接。随后，使用 Prime/MM-GBSA 进行 QPLD 和 IFD 来预测结合自由能分数。QPLD 对接复合物的结合自由能 (ΔG) 为 -48.286 kcal/mol。在 50 ns 分子动力学模拟运行期间，对接复合物显示出具有 1 个氢键、3 个水介导的相互作用的稳定性，能量最低。因此，所提出的先导化合物代表了 VacA 抑制剂开发的新的有价值的起点。使用 Prime/MM-GBSA 进行 QPLD 和 IFD 来预测结合自由能分数。QPLD 对接复合物的结合自由能 (ΔG) 为 -48.286 kcal/mol。在 50 ns 分子动力学模拟运行期间，对接复合物显示出具有 1 个氢键、3 个水介导的相互作用的稳定性，能量最低。因此，所提出的先导化合物代表了 VacA 抑制剂开发的新的有价值的起点。使用 Prime/MM-GBSA 进行 QPLD 和 IFD 来预测结合自由能分数。QPLD 对接复合物的结合自由能 (ΔG) 为 -48.286 kcal/mol。在 50 ns 分子动力学模拟运行期间，对接复合物显示出具有 1 个氢键、3 个水介导的相互作用的稳定性，能量最低。因此，所提出的先导化合物代表了 VacA 抑制剂开发的新的有价值的起点。