蛋白质组学与生物信息学杂志
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计算机方法解释了青霉素结合蛋白β-内酰胺酶的进化

Privita Verma、Aditi Upadhyay、Monalisa Tiwari 和 Vishvanath Tiwari

青霉素结合蛋白（PBP）具有转肽酶、转糖基酶和羧肽酶活性，介导肽聚糖的N-乙酰氨基葡萄糖（NAG）和N-乙酰胞壁酸（NAM）交联，从而促进细胞壁合成。β-内酰胺抗生素与 PBP 结合并使它们失活，从而杀死细菌。在进化过程中，细菌也发展出了差异化的生存策略。β-内酰胺酶引起的多重耐药性的出现构成了世界范围的威胁。这种酶会水解 β-内酰胺抗生素，从而使其失去活性。本研究的目的是通过计算分析β-内酰胺类抗生素与 PBP 和 β-内酰胺酶的结合亲和力。对接研究。为此，迄今为止已知的不同类别的β-内酰胺被用作分子相互作用的配体。使用基于评分函数的 GLIDE 进行计算分析。结合亲和力模式根据它们的结合能来确定。结果表明，大多数 β-内酰胺抗生素都与 β-内酰胺酶和 PBP 相互作用，这揭示了 β-内酰胺酶和 PBP 之间可能存在祖先关系，因为两者都识别共同的底物。因此，目前的工作可能有助于在催化水平上研究β-内酰胺酶和PBPs之间的进化关系。