蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

研究不同生物过程中不同部件之间交互的底物部件之间的串扰的计算机方法

戈哈·泰姬陵、帕亚尔·阿加瓦尔和阿尼尔·库马尔

信号转导通路使用与中断的对接响应，相差也可能受到磷酸化的调节。通过磷酸化调节这些对接响应可以对不同的生物过程进行额外的控制，包括防御的串扰感应。磷酸化基序周围的氨基酸序列已被广泛研究。然而，本研究已尝试在54个已识别的MAPK 3和MAPK中鉴定丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)、CaM蛋白II、蛋白激酶C、受体酪氨酸波特性底物的重要决定因素/基序的存在。拟南芥的6个底物。所有鉴定的底物都不具有已知的(p)S/(p)TP磷酸化位点。 54个基材中，47个有S/TP站点，7个同类交换站点。同样，8个显示XXRRX(p)S模式，28个显示HYDXRXX(p)SXX模式，35个显示HYDXXRXX(p)S模式，12显示R/K(1-3)X(p) S/T(HYD)R/ K(1-3)图谱和17显示Na(1-3)-X-(p)Y-XX-HYD图谱。为了确定周围邻近性兴奋在响应中的作用，仍在MAPK底物中鉴定了其他守卫模式/基序，包括XXRRX(p)S、HYDXRXX(p)SXX、HYDXXRXX(p)S、R / K(1-3)X(p)S/T(HYD)R/K(1-3), Na(1-3)-X- (p)Y-XX-HYD（Na-亲水；HYD）这些保持的模式显示了其他中断的激活位点，即。分别为 MAPK 激活蛋白活性-1、MAPK 激活蛋白活性-2、CaM 激活蛋白 II、蛋白活性 C、酪氨酸氨基酸蛋白。