药用与香料植物
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水稻 5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶基因的计算机表征、结构建模、对接研究和系统发育分析。

Ubaid Yaqoob、Tanushri Kaul、Saurabh Pandey 和 Irshad Ahmad Nawchoo

5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合酶 (EPSPS) 是莽草酸途径的重要酶之一，参与次级代谢产物和多种氨基酸的生物合成。来自不同植物的这些 EPSPS 蛋白质序列的多重序列比对显示，不同延伸段的保守区域在氨基酸残基方面具有最大同源性。我们利用大肠杆菌的结构揭示了稻EPSPS (OsEPSPS) 蛋白的同源模型EPSPS 作为模板。通过PROCHECK、RAMPAGE服务器、ProSA、Verify3D等对所得模型结构进行细化，表明模型结构是可靠的。Ramachandran 图分析表明，94.3% 的氨基酸残基构象位于最有利的区域内。通过基序分析发现，无论植物种类如何，所有 EPSPS 蛋白中都一致存在保守的 EPSPS 结构域，这表明它在细胞和代谢功能中可能发挥作用。构建的系统发育树揭示了基于 EPSPS 的细菌、单子叶植物和双子叶植物的不同簇。该基因的相互作用伙伴显示了该基因家族在调节发育和代谢功能中的重要性。