蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

利用蛋白质组学和微阵列数据进行辐射诱导通路分析的综合生物信息学

胡章志、黄宏展、Amrita Cheema、Mira Jung、Anatoly Dritschilo 和 Cathy H. Wu

大规模蛋白质组学和基因表达的功能分析和解释数据需要有效利用生物信息学工具和公共知识资源以及专家指导的检查。使用综合生物信息学方法来分析响应电离辐射的细胞途径。ATM（共济失调毛细血管扩张症突变体）是一种丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶，在辐射反应（包括细胞周期停滞和 DNA 修复）中发挥着关键作用。我们基于 2D-gel/MS 蛋白质组学和表达野生型或突变 ATM 基因的成纤维细胞的微阵列基因表达数据分析了辐射响应途径。分析表明，辐射以 ATM 依赖性方式显着影响新陈代谢。特别是，两种细胞系中的嘌呤代谢途径发生了差异性变化。ATM 野生型细胞中核糖核苷二磷酸还原酶亚基 M2 (RRM2) 的 mRNA 和蛋白质水平表达均增加，但在 ATM 突变细胞中未检测到变化。ATM野生型细胞照射后30分钟观察到p53表达增加。这些结果表明 RRM2 是介导辐射诱导的 ATM-p53 通路的下游靶标。DNA修复。我们证明了综合生物信息学方法促进了通路分析、假设生成和靶基因/蛋白质识别。