药物设计：开放获取
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抽象的

一些小凹槽粘合剂与 B-DNA Dodecamer 5' (CGCAAATTTGCG)-3' 的相互作用、动力学和稳定性分析

安威什·潘迪、阿努拉格·乌帕迪亚亚、苏雷什·库马尔、阿尼尔·库马尔·亚达夫

由于其基因表达倾向，脱氧核糖核酸 (DNA) 已成为许多抗菌和抗癌药物的已知细胞靶标。药物与核酸的相互作用是药理学的重要特征之一，在理解药物作用机制和设计更有效、副作用最小的药物方面发挥着重要作用。呋喃很早就为人所知，并且经常被声称具有多种药用和治疗作用。在当前的研究工作中，通过计算研究了两类分子，即 2,4-双（4-脒基苯基）呋喃和反向二脒基 2,5-二芳基呋喃，它们与 DNA 的相对结合强度和稳定的复合物形成趋势（PDB Id ：4AH0）。进行分子对接以预测 DNA 附近药物的结合袋，并进行分子动力学以研究相互作用动力学以支持预测的结合模式。对接显示，结合位点是富含 AT 的区域，这是小沟结合者的首选。RMSD 和 RMSF 分析是根据 MD 研究获得的数据进行的；前一项研究表明，配体仍然与 DNA 的首选结合位置结合，其小沟没有任何明显的偏差；然而，后者揭示了在整个模拟过程中DNA的拓扑结构保持完整，从而推断出药物-DNA复合物的稳定性。这项研究描述了 DNA 与呋喃衍生物相互作用的特性和动力学，考虑到结合时的变形，这可以在发现新的小沟结合物作为基因表达调节剂方面发挥重要作用。在本研究中，我们还使用 Gaussian 09 程序包进行自然键轨道 (NBO) 分析，以计算优化电子化学结构中的分子内和分子间轨道键合和相互作用，特别是电荷转移和稳定增益能量。