蛋白质组学与生物信息学杂志
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大规模化学交联质谱前景

Boris L. Zybailov、Galina V. Glazko、Mihir Jaiswal 和 Kevin D. Raney

当人们的注意力转向不同的蛋白质复合物拓扑、瞬时相互作用或 PPI 的定位时，生物样品中复杂蛋白质混合物的惊人异质性变得更加难以解决。细致的蛋白质间亲和力下拉和酵母双杂交筛选是目前用于破译蛋白质组范围相互作用网络的两种方法。另一种方法是采用化学交联，它不仅可以给出相互作用者的身份，还可以提供有关相互作用位点和相互作用界面的信息。尽管质谱仪器在过​​去十年中取得了重大进展，但使用化学交联绘制蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 仍然非常耗时，并且需要大量专业知识，即使在最简单的系统中也是如此。虽然存在用于分析二元 PPI 以及使用交联衍生约束进行单一蛋白质结构细化的强大方法和软件，但进行蛋白质组范围的交联研究非常复杂。困难包括 i) 识别可以捕获感兴趣的相互作用的正确长度和选择性的交联剂；ii) 交联物质的富集；iii) 交联肽和交联位点的鉴定和验证。困难包括 i) 识别可以捕获感兴趣的相互作用的正确长度和选择性的交联剂；ii) 交联物质的富集；iii) 交联肽和交联位点的鉴定和验证。困难包括 i) 识别可以捕获感兴趣的相互作用的正确长度和选择性的交联剂；ii) 交联物质的富集；iii) 交联肽和交联位点的鉴定和验证。

在这篇综述中，我们研究了针对大规模蛋白质交联的现有文献，并讨论了可能的改进途径。我们还讨论了具有广泛特异性的短长度交联剂，例如甲醛和基于二氮丙啶的光交联剂。这些交联剂可能捕获多种类型的相互作用，而不严格要求特定的氨基酸存在于给定的蛋白质-蛋白质界面上。这些短长度、广泛特异性的交联剂如何应用于蛋白质组范围的研究？我们将提出实现这一飞跃所需的方法、仪器和软件方面的具体进展。