生物医学数据挖掘国际期刊
开放获取

抽象的

使用同胞数据的不确定基因型进行 Hardy-Weinberg 平衡的似然比检验

李琼、Hélène Massam 和高鑫

基因型频率的 Hardy-Weinberg 平衡测试是群体遗传学研究中至关重要的第一步。在本文中，我们开发了一种期望最大化算法来估计具有基因型不确定性的同胞数据的基因型频率。我们还针对没有可用亲本基因型且可能存在基因分型错误的同胞，开发了哈迪-温伯格平衡的似然比检验。模拟表明，我们的似然比检验保持了对 I 类错误率的有效控制和良好的统计功效。最后，当样本按具有不同基因型频率的多个种族群体进行分层时，似然比检验会跨层扩展。