蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

肽阵列中运动信号的机械参数化

亚历克斯·杜萨克、约书亚·C·安德森、克里斯托弗·D·威利和乔纳斯·S·阿尔梅达

激酶在涉及肿瘤发生的每个细胞过程中发挥作用，从增殖、迁移、蛋白质合成到 DNA 修复。虽然基因测序已经鉴定出人类基因组中的大多数激酶，但它并没有在激酶针对其底物靶标的活性水平上描述“激酶组”。PamGene PamChip® 系统尝试解决这一限制，让研究人员更直接地了解细胞激酶活性，该系统记录并比较 144 个酪氨酸或丝氨酸/苏氨酸肽被细胞激酶磷酸化时的磷酸化情况。因此，需要很好地理解这种时间相关的运动信号的动力学，以便将参数集转换成准确且有意义的数学模型。

在这里，我们报告了运动组时间序列的分析和数学建模，实现了对磷酸化积累的更准确的描述产物比当前模型假设一级酶底物动力学。所提出的解决方案的可重复性受到特别关注。具体来说，非线性参数化程序作为公共开源网络应用程序提供，其中运动时间序列可以准确地分解为模型的两个测量磷酸化速率和容量的参数值。鉴于科学界对可重复性的关注日益增加，将模型参数化完全作为客户端 Web 应用程序提供的能力本身就是一个重要的结果。也不需要作者维护的潜在瞬态和不透明的服务器端组件，