蛋白质组学与生物信息学杂志
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Megafiller：一种改进的蛋白质功能预测器，用于填补代谢网络中的空白

Nam Ninh Nguyen、Wanwipa Vongsangnak、Bairong Shen、Phi-Vu Nguyen 和 Hon Wai Leong

背景：研究生物体细胞代谢和生理学的一个瓶颈是基因组规模代谢网络中存在的代谢间隙。代谢间隙是网络中相应基因尚未被识别的反应。以前的缺口填充方法通常基于识别相关生物体中的蛋白质家族，然后利用该家族来帮助寻找给定基因组中的目标基因。然而，当蛋白质家族定义不明确时，这些方法就会失败。因此，当前的代谢网络仍然存在许多空白。在这里，我们尝试通过改造蛋白质功能预测因子并对其结果进行后处理来识别候选基因，通过间接方法来填补这些空白。

结果：我们开发了一种代谢间隙填充的新方法，称为 MeGaFiller，它使用多个经过改造的最先进的蛋白质功能预测器的集合。采用集成方案来提高预测性能。MeGaFiller可以针对不同代谢网络（即酵母、三种丝状真菌和细菌）中35%的代谢缺口提出候选基因。MeGaFiller 可以预测代谢网络中早期注释功能的多达数百个新候选基因。MeGaFiller 还可以为整个代谢网络中新的假定反应提供新的候选基因。

结论：MeGaFiller 方法展示了我们通过改造蛋白质功能预测因子来填补代谢网络中代谢空白的首次努力。它作为一种生物信息学工具，有助于通过基因组规模的代谢网络重建来改进注释。