蛋白质组学与生物信息学杂志
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基于肽的质谱方法进行膜蛋白定量：有机阴离子转运多肽家族的研究

Larissa M Balogh、Emi Kimoto、Jonathan Chupka、Hui 张和 Yurong Lai

药物转运蛋白的可靠定量是建立人类药代动力学预测的相对比例因子并解释不同人群的药代动力学变化所必需的关键要素。在此，我们从样品制备的角度对三种主要有机阴离子转运多肽（OATP）膜蛋白的基于靶向质谱的定量方法进行了详细评估。我们还展示了首次在 OATP 定量方案中实施通过细胞培养中的氨基酸进行稳定同位素标记 (SILAC)，该方案取决于蛋白质水平上的标记掺入，从而能够大幅加速样品制备过程并获得精确的结果。这些方法将实现可比较的定量，以提供个体缩放因子，并解决 OATP 蛋白的潜在个体间变异性，而 OATP 蛋白对于转运蛋白介导的肝脏药物清除至关重要。该评估程序还可以作为其他尚未通过高通量定量充分检测的抗蛋白水解转运蛋白的模型。此外，从各种样品制备条件得出的结果明确说明了这些条件如何对不同蛋白质的定量产生不同的影响。最后，不同蛋白质之间的比率可能是条件的人为因素，而不是典型基于肽的定量的内源比率的反映，其中蛋白水解肽和蛋白质之间未建立化学计量关系。在某种程度上，在不同条件下确定的比率可能会得出不同的结论，我们的结果强调了在最近的药物转运蛋白定量中被低估的重要局限性，这些局限性将基于肽的质谱工具扩展到相对定量之外，以便直接比较多个药物转运蛋白的丰度。药物转运蛋白。