蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

蛋白质结构比对的荟萃分析

吉姆·哈夫里拉和艾哈迈德·萨桑

蛋白质分子的三维结构为其生物学功能提供了重要的见解。蛋白质的结构比对是蛋白质结构分析中一项重要且广泛执行的任务，通过它可以识别功能和进化上重要的片段。然而，结构对齐是一个计算困难的问题，并且为解决该问题而引入的大量启发式方法的结果并不一致。因此，对于结构对齐问题没有广泛接受的解决方案。在本研究中，我们提出了一种荟萃分析方法，使用几种流行方法生成的比对来生成重新优化的最佳结果。对大量基准成对比对的方法的评估表明，与我们调查的其他方法相比，TMalign（模板建模比对）提供了优越的比对（RMSD、均方根偏差除外）。Smolign（基于空间基序的多重蛋白质结构比对）提供比其他方法更小的核心，并具有最佳 RMSD 值。使用 TM-align 的优化方法重新优化比对不会改变方法的相对性能。此外，还执行了描绘对齐方法关系的可视化方法并提供了结果 Smolign（基于空间基序的多重蛋白质结构比对）提供比其他方法更小的核心，并具有最佳 RMSD 值。使用 TM-align 的优化方法重新优化比对不会改变方法的相对性能。此外，还执行了描绘对齐方法关系的可视化方法并提供了结果 Smolign（基于空间基序的多重蛋白质结构比对）提供比其他方法更小的核心，并具有最佳 RMSD 值。使用 TM-align 的优化方法重新优化比对不会改变方法的相对性能。此外，还执行了描绘对齐方法关系的可视化方法并提供了结果