蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

DNMT1 的甲基化在慢性淋巴细胞淋巴瘤细胞中比在正常细胞中更有效

埃里克·萨莫罗德尼茨基、艾米丽·戈什、萨哈娜·马宗德和西巴吉·萨卡

激活子和阻遏子的结合在基因表达的转录调控中起着重要作用。系统生物学方法已用于预测和确定该过程的效率；然而，大部分工作是在原核系统中完成的。表观遗传调控提供了转录调控的另一个维度，它不涉及基因编码区的变化。DNA 甲基转移酶 1 (DNMT1) 对 DNA CpG 岛中的特定 CpG 残基进行甲基化，从而导致基因沉默。在癌细胞中，DNMT1酶高度表达，并且包括抑癌基因在内的基因特定位点的甲基化水平升高。这导致致癌的抑癌基因沉默。然而，目前尚不清楚 DNMT1 表达的增加是否与甲基化水平的增加成正比。本文开发了一种系统生物学方法来确定 DNMT1 在癌细胞中是否比在正常细胞中更有效地发挥作用。使用改良的 Hill 方程在慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 细胞中测定 DNMT1 与八个选定基因结合的协同性，并将这些值与从正常淋巴细胞和粒细胞获得的值进行比较。发现 DNMT1 的协同性在四个癌症相关基因中呈阳性，而在正常淋巴细胞和粒细胞中均为阴性。这些结果首次展示了如何应用系统生物学来分析转录基因调控。