蛋白质组学与生物信息学杂志
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Bioconductor R 包中三种不同临床形式的人类结核刺激样本的微阵列基因表达统计数据分析

Umar Shittu1、Mohammed Abu Naser、Zainab-L Idris 和 Maryam SA

本研究的总体目标是确定并探索 Bioconductor R 软件包中提供的微阵列基因表达统计工具的使用，用于图像可视化、数据质量控制、背景校正、总结、标准化和从人类微阵列基因表达数据中识别高度差异的基因表达。结核感染。磷酸盐缓冲盐水（PBS）刺激样本的人结核病基因表达数据如肺结核感染（PTB）、脑膜结核感染（TBM）和潜伏性结核感染（LTB）图像数据均收集自GEO-NCBI（Gene Expression） Omnibus-国家生物技术信息中心）数据库采用 CEL 文件格式，登录号为：GSE11199，所有分析均在 R 包中进行。这些分析确定并探索了使用 AffyQCReport 工具、affycoretools、PCA、MAS 5.0 和 GCRMA 进行微阵列基因表达数据预处理，并使用 LIMMA 作为此类分析的统计工具来识别高度显着表达的基因。LIMMA 的统计分析表明，三种不同形式的人类结核病之间存在显着差异。因此，两组中显着表达的大多数基因都是负责细胞免疫反应的基因。当p值<=0.05时，使用相关系数=1进一步分析由LIMMA分析生成的三个不同比较组的结果并生成维恩图，维恩图结果显示，在三组实验中，大多数基因均上调，表明受刺激的结核病受调控基因的表达率下降幅度较小，但表达量有所增加，且高表达基因多于低表达基因。比较。它建议建议从这项研究中获得的结果可用于进一步分析以检测和控制人类结核病感染。