蛋白质组学与生物信息学杂志

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国际标准期刊号: 0974-276X

抽象的

MLVA_Normalizer:MLVA 配置文件标准化和实验室之间数据交换的工作流程

保罗·巴切勒里、阿诺·费尔滕、玛丽-莱昂·维诺、本杰明·格拉塞特、卡罗尔·费雷尔、雷诺·莱勒和萨布丽娜·卡德尔六号

动机:MLVA(多位点 VNTR 分析)是一种当今用于表征几种主要病原体(例如布鲁氏菌、结核分枝杆菌或沙门氏菌)的分型方法。它利用了由串联重复序列构成的特定基因组基因座的大小的比较。不幸的是,原始大小估计值依赖于仪器,因此如果没有在参与疾病监测、监视和官方控制的实验室之间进行标准化,就无法对所获得的结果进行比较。

结果:为了克服这个问题,我们开发了一个工作流程工具 MLVA_normalizer,旨在标准化 MLVA 结果。该标准化工作流程工具旨在适用于任何细菌属,并且不依赖于所使用的 MLVA 协议。

可用性:MLVA_normalizer 在 GNU 通用公共许可证(版本 2,1991 年 6 月)下可用。源代码位于:https://github.com/afelten-Anses/MLVA_normalizer。

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