蛋白质组学与生物信息学杂志
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ModLS：具有自动特异性扩展的翻译后修饰定位评分

大卫·特鲁吉安 (David C. Trudgian)、雷切尔·辛格尔顿 (Rachelle Singleton)、马修·E·科克曼 (Matthew E. Cockman)、彼得。J. Ratcliffe 和 Benedikt M. Kessler

基于概率的片段质谱磷酸化位点识别的定位评分已成为确认搜索引擎修改分配并指示它们定义的确定性程度的常见做法。还需要磷酸化以外的修饰的本地化，但目前的工具不太支持。这些其他修饰（例如羟基化）可能具有广泛的氨基酸特异性，并且当在 MS 数据库搜索中未考虑正确的特异性时，可能会被错误分配。此外，本地化软件通常特定于特定的 MS/MS 搜索引擎，并且不能用于本地化由多个搜索引擎识别的修改。ModLS 是我们免费提供的中央蛋白质组设施管道 (CPFP) 中的一个新工具，将本地化评分方法应用于任意翻译后修饰 (PTM)。除了初始搜索中包含基于氨基酸特异性的本地化 PTM 之外，ModLS 还可以自动考虑 UniMod 的其他特异性。这有助于避免仅使用 PTM 特异性的子集搜索数据时可能发生的“正确修饰、不正确氨基酸”错误。可以对来自管道中合并的任何搜索引擎的结果执行本地化评分，或者将各个搜索引擎的输出组合起来以增加覆盖范围。我们使用公开的磷酸化肽数据集展示了 ModLS 的性能，表明它在 CID 和 MSA 数据方面优于最近表征的 Mascot Delta Score 方法，并且在 HCD 数据方面具有可比性。此外，我们展示了使用羟基化和甲基化肽数据自动特异性扩展的实用性。ModLS 是一个用户友好的本地化工具，可以进行任意修改。它包含在 CPFP 中，允许在来自多个搜索引擎的大型或小型结果集上快速轻松地执行 PTM 本地化。ModLS 中引入的特异性扩展允许由于不完全考虑要识别和最小化的特异性而导致修饰错误分配。