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分子对接和分子动态模拟：深入了解 HCV NS3/4A 大环抑制剂与基因型 1b 和 4a 结合的差异

埃曼·埃尔·巴斯塔维西 (Eman A El-Bastawissy) 和马哈茂德·埃尔哈萨卜 (Mahmoud A Elhasab)。

HCV NS3 蛋白酶结构域已成为多种直接作用抗病毒药物抑制的有吸引力的位点。在治疗基因 1 型 HCV 方面取得了巨大成功，但在埃及占主导地位的 HCV 基因型 4a 对这些药物中的许多药物具有耐药性，同时对某些药物敏感，并且这些观察结果的原因尚未得到深入研究。因此，我们使用 HCV NS3 基因型 1b 作为模板 PDB (1DY9) 构建了基因型 4a 的 HCV NS3 3D 模型，并在仔细检查模型和模板之间会改变 HCV 基因型 4a 药物敏感性的差异后，我们进行了比较Simeprevir、Vaniprevir 和 Paritaprevir 在两种基因型的 NS3 蛋白酶结构域中的计算对接研究。我们的研究结果成功解释了两种基因型对 HCV NS3 蛋白酶抑制剂药物治疗反应的差异。结果表明，Simeprevir 在两种基因型中均保留其活性，但 Paritaprevir 丧失了其大部分活性，无法单独用于 HCV 基因型 4a，而 Vaniprevir 显着丧失其活性，根本无法用于 HCV 基因型 4a。对基因型 4a 的 HCV NS3 3D 模型进行动态模拟以增强对接结果。然后根据我们的模型对一系列经过修改的抑制剂进行了虚拟筛选，这将开启一个新时代，使用基于结构的药物设计来开发优先治疗 HCV 基因型 4a 或发展中国家占主导地位的其他基因型的新药。结果表明，Simeprevir 在两种基因型中均保留其活性，但 Paritaprevir 丧失了其大部分活性，无法单独用于 HCV 基因型 4a，而 Vaniprevir 显着丧失其活性，根本无法用于 HCV 基因型 4a。对基因型 4a 的 HCV NS3 3D 模型进行动态模拟以增强对接结果。然后根据我们的模型对一系列经过修改的抑制剂进行了虚拟筛选，这将开启一个新时代，使用基于结构的药物设计来开发优先治疗 HCV 基因型 4a 或发展中国家占主导地位的其他基因型的新药。结果表明，Simeprevir 在两种基因型中均保留其活性，但 Paritaprevir 丧失了其大部分活性，无法单独用于 HCV 基因型 4a，而 Vaniprevir 显着丧失其活性，根本无法用于 HCV 基因型 4a。对基因型 4a 的 HCV NS3 3D 模型进行动态模拟以增强对接结果。然后根据我们的模型对一系列经过修改的抑制剂进行了虚拟筛选，这将开启一个新时代，使用基于结构的药物设计来开发优先治疗 HCV 基因型 4a 或发展中国家占主导地位的其他基因型的新药。对基因型 4a 的 HCV NS3 3D 模型进行动态模拟以增强对接结果。然后根据我们的模型对一系列经过修改的抑制剂进行了虚拟筛选，这将开启一个新时代，使用基于结构的药物设计来开发优先治疗 HCV 基因型 4a 或发展中国家占主导地位的其他基因型的新药。对基因型 4a 的 HCV NS3 3D 模型进行动态模拟以增强对接结果。然后根据我们的模型对一系列经过修改的抑制剂进行了虚拟筛选，这将开启一个新时代，使用基于结构的药物设计来开发优先治疗 HCV 基因型 4a 或发展中国家占主导地位的其他基因型的新药。