物理化学与生物物理学杂志
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蛋白质的分子动力学模拟：简要概述

萨钦·帕托迪亚、阿诗玛·巴加里亚和迪帕克·乔普拉

MD模拟已成为了解蛋白质结构的物理基础及其生物功能的重要工具。在最近十年中，我们见证了蛋白质分子动力学模拟方面的重大进展，包括原子模拟算法、力场、计算方法和设施、综合分析和实验验证以及广域生物信息学和结构/系统生物学框架的集成。在这篇综述中，我们介绍了蛋白质模拟的方法和该领域的最新进展。MD模拟提供了研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-配体和蛋白质-核酸相互作用的平台。MD 模拟还使用 NMR 弛豫时间尺度进行，以获得蛋白质分子的残余偶极耦合和有序参数。