免疫组学研究
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抽象的

基序预测以区分 LPS 刺激的促炎巨噬细胞基因与抗菌巨噬细胞基因

拉胡尔·K·科利帕拉

背景：先天免疫是宿主细胞针对感染提供的第一道防线。参与先天免疫的巨噬细胞受到细菌细胞表面脂多糖 (LPS) 的刺激，表达一系列复杂的基因产物。持续的 LPS 刺激使巨噬细胞对 LPS 具有耐受性，同时下调炎症基因（“促炎症”），同时持续表达基因以对抗细菌感染（“抗菌”）。转录因子 (TF) 在表达基因上同源 TF 结合位点 (TFBS) 上的相互作用对于控制 LPS 刺激中涉及的促炎和抗菌表达范式的转录调控网络非常重要。结果：我们使用来自 LPS 刺激的巨噬细胞的公共领域微阵列数据集中的差异表达模式来鉴定 228 个促炎基因和 18 个抗菌基因。使用三种不同的基序搜索工具，我们从促炎和抗菌基因组中分别预测了四种和一种具有统计显着性的 TF-TFBS 相互作用。利用生物学文献来识别从这三种工具预测的四种促炎谱 TF 的靶基因，并观察到其中 18 个靶基因遵循原始微阵列数据中的促炎表达模式。结论：我们的分析区分了促炎与抗菌转录组特征，这些转录组特征对它们各自的基因表达模式以及 LPS 刺激的巨噬细胞中相应的 TF-TFBS 相互作用进行了分类。