蛋白质组学与生物信息学杂志
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CDK-介体激酶模块中揭示了 MED12/MED12L、MED13/13L 和 CDK8/19 旁系同源物的相互排斥性

Danette L. Daniels、Michael Ford、Marie K. Schwinn、Hélène Benink、Matthew D.Galbraith、Ravi Amunugama、Richard Jones、DavidAllen、NorikoOkazaki、Hisashi Yamakawa、Futaba Miki、Takahiro Nagase、Joaquín M.Espinosa 和 Marjeta Urh

大分子复合物介体在 DNA 结合蛋白、非编码 RNA 和染色质调节 RNA 聚合酶 II (RNAPII) 活性中发挥重要作用。结构和生化研究表明，人类介体以两种形式存在；一个由 26 种蛋白质组成的核心复合体，称为“Mediator”，以及一个包含 CDK8 激酶模块的较大复合体，称为“CDK8-Mediator”。有趣的是，激酶模块的 3 个亚基在脊椎动物中经历了独立的基因复制，产生旁系同源对 MED12/MED12L、MED13/MED13L 和 CDK8/CDK19。每一个都已被证明与介体相互作用，但由于 CDK 激酶模块的尺寸较大 (~600 kD)、旁系同源物之间的相似性以及复合物的潜在组合性质，明确定义 CDK 激酶模块的组成一直具有挑战性。在这项研究中，我们使用 HaloTag 技术进行了系统的蛋白质组学分析，从 HEK293T 细胞中分离出每个激酶模块成员（MED12、MED12L、MED13、MED13L、CDK8、CDK19 和 Cyclin C）及其相互作用的伙伴。使用 LC-MS/MS，我们能够通过对独特肽的特定分析来区分样品中的旁系同源物。我们发现旁系同源物以互斥的方式组装成 CDKMediator，从而允许 CDK 模块最多八种不同的组装，具有介体复合物功能专业化的潜力。有趣的是，我们发现 MED13L 复合物携带 MED26 亚基，该亚基在 CDK-Mediator 中要么不存在，要么丰度非常低。介体复合物的这种独特变体可能与最近的观察结果相一致，这些观察结果证明了 MED26 和 CDK8 在 RNAPII 延伸的正控制中的作用。这些数据共同扩展了对 CDK-介体复合物和组成的理解。