蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

C 端组中的新 Minimotif 及其功能

Surbhi Sharma1、Nemanja Novakovic1、Zachary Thomas FitzHugh1,2、Alexandria Bragg1、Stephen Brooks1、Xiaogang Wu2、Martin R. Schiller1,2*

一些蛋白质结构域和受体识别蛋白质短羧基末端上的小基序，并控制蛋白质聚类、运输和翻译后修饰。这些功能性 C 末端小基序存在于人类蛋白质组中大约 17% 的蛋白质中，其中 83% 的功能意义未知。我们测试了生物信息学/蛋白质组学方法来系统地识别新的 C 末端小基序功能。我们根据折叠富集度和序列复杂性选择了 30 个假定的共有 C 末端小基序。这 30 个共有小基序在人类蛋白质组中 16% 的 C 末端有实例。通过亲和纯化液相色谱-串联质谱法鉴定了每个共有 C 末端小基序的代表性实例的结合伴侣。我们使用 PDZ 结合 C 端小基序实例 SDV> 验证了该方法，并确定了 436 个潜在的新相互作用子。对于 30 个新的 C 端小基序中的 7 个，重新发现了 32 个先前已知的相互作用子。总体而言，实验支持 30 个 C 端小基序的 2,048 个新结合伙伴。LxxxI> 和 QxxL> 小基序序列模式的许多相互作用子分别在 RNA 剪接和细胞周期中发挥作用。新小基序的关键共有残基位于 6 种疾病的致病突变位置，从而深入了解疾病机制。总之，30 个新的 C 端共有小基序覆盖了人类 C 端组的 16%，有助于识别潜在的疾病机制，并且这种方法可以扩展以确定人类 C 端组中蛋白质 C 端的功能。