当前合成与系统生物学
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抽象的

非线性和误导性模板评分标准：蛋白质建模不准确的根本原因

阿什什·伦塔拉

基于模板的蛋白质建模是目前预测正确蛋白质构象的最准确、最值得信赖的方法，以弥合实验解决的蛋白质结构数量与蛋白质序列计数之间不断增加的差距。我们使用模板的最佳基于知识的预测算法并不非常擅长一致选择最佳评分模板来构建高度准确的蛋白质模型。通用和当前使用的模板评估和选择分数的相互矛盾的性质进一步使得这一基本建模步骤成为非常棘手和侥幸的事情。准确地说，本文简要研究并证明了模板选择测量的基本允许自由度对构建的蛋白质模型的准确性的影响。对蛋白质建模任务中通常被忽视的几个逻辑准则进行了分析，并且应该定期考虑。因此，强制需要更可靠和稳健的评分措施来选择最佳的可用模板来构建最准确的目标构象。