蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

使用弹性网络模型对嗜热纤维素酶 FnCel5A 进行简正模态分析

沙阿·费萨尔·穆罕默德、法瓦德·阿里、穆伊德·乌尔·拉赫曼和阿西姆·穆罕默德

基于弹性网络模型的正态模式分析 (NMA) 是一种高效、经济且功能强大的计算方法，用于表征蛋白质灵活性和由此产生的动力学。在本研究中，我们分析了单个蛋白质结构，即具有给定 PDB ID：3rjy 的超耐热酶 (FnCel5A)，以计算变形能、特征值、原子波动和位移，以及显示所有蛋白质之间相关性的重叠和相关矩阵。 FnCel5A 结构中的 C-α-原子运动。WEBnm@ 服务器用于提供快速自动化计算低频正常蛋白质结构模式分析。使用NMA的单模式分析已应用于网络服务器，它可以为单一蛋白质结构提供最近改进的功能。这包括蛋白质运动的新可视化、氨基酸间相关性以及应用重叠分析的构象转变分析。此外，我们还研究了 FnCel5A (PDB: 3rjy) 的结构和单模式分析，以计算最低和正常频率的蛋白质模式。这项研究提供了有关 FnCel5A 的环灵活性和最高 B 因子区域的足够信息，这些信息在理性和半理性设计中发挥着重要作用，以改造该酶以提高活性。