蛋白质组学与生物信息学杂志
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通过质谱法优化瓜氨酸肽的鉴定：利用胰蛋白酶不能切割瓜氨酸氨基酸的特性

Tue Bennike、Kasper B. Lauridsen、Michael Kruse Olesen、Vibeke Andersen、Svend Birkelund 和 Allan Stensballe

瓜氨酸蛋白与多种疾病有关，瓜氨酸化很可能作为新型诊断剂和揭示疾病病因的靶标。因此，正确鉴定瓜氨酸蛋白至关重要。质谱 (MS) 驱动的蛋白质组学可以通过自下而上的策略分析复杂样品中的蛋白质谱和 PTM。然而，使用 MS 对瓜氨酸化进行位点特异性表征仍然存在问题，特别是在不存在敏感化学修饰技术的复杂样品中。因此，瓜氨酸后的胰蛋白酶漏切通常用作瓜氨酸化后处理的标记。然而，C 末端胰蛋白酶瓜氨酸肽也有报道。在这项研究中，因此，我们的目标是优化复杂样品中瓜氨酸肽的鉴定。为了评估胰蛋白酶的裂解特性，对含有精氨酸或瓜氨酸的合成肽组进行消化。肽序列源自与疾病相关的体内瓜氨酸蛋白；一些报道为 C 末端胰蛋白酶瓜氨酸肽。此外，使用类风湿性关节炎患者的消化滑液样本验证了蛋白水解活性。使用液相色谱/串联质谱和电喷雾电离对样品进行分析。我们的体内和体外研究清楚地表明胰蛋白酶无法切割瓜氨酸残基。根据我们的发现，我们提出了一种验证复杂样品后处理中瓜氨酸位点的策略，在蛋白质组学鸟枪实验中。通过要求漏切来鉴定瓜氨酸肽，我们证明可以去除 64% 的假阳性注释瓜氨酸位点。我们还证明了应用该策略可能存在的陷阱。总之，瓜氨酸肽谱的手动注释对于确保正确注释仍然至关重要。实施漏切要求可显着减少需要手动验证的光谱数量，同时将损失降至最低。该方法可能有助于未来的蛋白质组学研究识别复杂样品中的瓜氨酸蛋白。我们还证明了应用该策略可能存在的陷阱。总之，瓜氨酸肽谱的手动注释对于确保正确注释仍然至关重要。实施漏切要求可显着减少需要手动验证的光谱数量，同时将损失降至最低。该方法可能有助于未来的蛋白质组学研究识别复杂样品中的瓜氨酸蛋白。我们还证明了应用该策略可能存在的陷阱。总之，瓜氨酸肽谱的手动注释对于确保正确注释仍然至关重要。实施漏切要求可显着减少需要手动验证的光谱数量，同时将损失降至最低。该方法可能有助于未来的蛋白质组学研究识别复杂样品中的瓜氨酸蛋白。