蛋白质组学与生物信息学杂志

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国际标准期刊号: 0974-276X

抽象的

paSNPg:基于 GBS 的流程,用于非模型物种中蛋白质相关 SNP 发现和基因分型

傅永碧、董一波

测序基因分型(GBS)最近已发展成为一种可行的基因组方法,用于探索非模型物种的种群和进化基因组分析的全基因组遗传变异。为了促进自然群体中功能​​相关遗传变异数据的获取,我们提出了一个基于 GBS 的管道,称为 paSNPg,用于非模型生物中蛋白质相关 SNP (paSNP) 的发现和基因分型。该管道是通过扩展已发布的 npGeno 实用程序而开发的,用于从原始 GBS 序列数据组装核重叠群,根据已发布的 PEP(或整个蛋白质组的预测)序列数据集从所有组装的重叠群中分离蛋白质相关的重叠群,并调用 paSNP基于蛋白质相关重叠群分析样品。使用两个 GBS 序列数据集测试管道,

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