蛋白质组学与生物信息学杂志
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paSNPg：基于 GBS 的流程，用于非模型物种中蛋白质相关 SNP 发现和基因分型

傅永碧、董一波

测序基因分型（GBS）最近已发展成为一种可行的基因组方法，用于探索非模型物种的种群和进化基因组分析的全基因组遗传变异。为了促进自然群体中功能​​相关遗传变异数据的获取，我们提出了一个基于 GBS 的管道，称为 paSNPg，用于非模型生物中蛋白质相关 SNP (paSNP) 的发现和基因分型。该管道是通过扩展已发布的 npGeno 实用程序而开发的，用于从原始 GBS 序列数据组装核重叠群，根据已发布的 PEP（或整个蛋白质组的预测）序列数据集从所有组装的重叠群中分离蛋白质相关的重叠群，并调用 paSNP基于蛋白质相关重叠群分析样品。使用两个 GBS 序列数据集测试管道，