蛋白质组学与生物信息学杂志
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肽结合可卡因：设计仿生受体的策略

德国·佩雷斯、马塞洛·马西尼、曼努埃尔·塞尔吉、米歇尔·德尔·卡洛、罗伯塔·库里尼、路易斯·阿尔贝托·蒙特罗-卡布雷拉和达里奥·孔帕尼奥内

提出了一种设计和合理选择小肽作为可卡因仿生受体的计算方法。该方法首先搜索和过滤生物受体-可卡因复合物的蛋白质 X 射线和 NMR 数据。根据可卡因区的不同，氨基酸选择与生物结合位点相关的关键点来设计 768 个五肽的初始库。研究了肽的灵活性，确定了获得可靠的计算结合分数所需的最小构象异构体数量。选择排名最高的 25 个五肽并用作起点，通过在所有序列位置插入 20 个天然氨基酸中的每一个来生成 3000 个六肽文库。所有结构均采用最小化能源，并使用 OpenEye Scientific 的FRED工具进行对接运行。
将 FRED 计算出的结合分数与初步体内实验测试进行比较，其中使用两种不同的肽作为选择性吸附剂材料，通过固相萃取 (SPE) 技术与质谱 (MS) 相结合用于可卡因。模拟数据与实验室实验结果一致，支持了本工作中提出的方法。