蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于拟肽的 HIV 1 gp120 附着蛋白抑制剂设计

Umashankar Vetrivel、Priya Sankar、Naveen kumar Nagarajan 和 Gurunathan Subramanian

肽模拟物是一种新型药物设计策略，其中 Insilico 抑制剂是通过模仿短肽的框架来设计的。新药物设计策略只会为开发独特且更安全的抗艾滋病毒药物铺平道路。在本研究中，我们提出了一种基于 gp120 附着抑制剂的肽模拟物。在人类生物系统中，HIV-1通过其表面糖蛋白gp1 20与宿主的CD4受体相互作用，建立初始附着。这种蛋白质-蛋白质相互作用界面形成了衍生模拟受体骨架的抑制剂的基础。本研究中衍生的模拟抑制剂基于可溶性 CD4 (SCD4)（CD4 的前体）与 gp120 的计算机相互作用。MEDock 软件鉴定了 SCD4 与 gp120 的分子相互作用。此外，手动分析相互作用界面的拓扑结构，并使用 chemsketch 在此基础上绘制配体分子的主链。此外，使用Argus实验室对草图配体进行了优化并与gp120对接。对接结果显示gp120 的配体和结合界面之间形成了六个氢键。根据利平斯基的五法则，该配体还被发现具有良好的可药物特性。因此，这项工作解决了所提出的拟肽配体的药物相似性。根据利平斯基的五法则，该配体还被发现具有良好的可药物特性。因此，这项工作解决了所提出的拟肽配体的药物相似性。根据利平斯基的五法则，该配体还被发现具有良好的可药物特性。因此，这项工作解决了所提出的拟肽配体的药物相似性。