蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

药效团建模和虚拟筛选研究设计潜在的蛋白酪氨酸磷酸酶 1B 抑制剂作为新先导化合物

Neelakantan Suresh 和 NS Vasanthi

蛋白酪氨酸磷酸酶1B（PTP-1B）是治疗糖尿病和肥胖症的重要靶点之一。它们在细胞内和细胞间的细胞信号传导中发挥着非常重要的作用。最佳药效团假设（Hypo 1）由四个特征组成，即1个氢键受体（HBA）、1个疏水点（HY）和2个环芳基（RA），相关系数为0.961，均方根平方差（RMSD）为0.885，成本差为62.436，表明成功获得了高度预测的药效团模型。基于化学特征的药效团模型是通过 CATALYST 软件中实施的 HypoGen 模块根据已知的 PTP-1B 抑制剂（25 种训练集化合物）生成的。排名最高的假设（Hypo1）包含四种化学特征类型，例如氢键受体（HA）、疏水芳香族（HY）和二环芳香族（RA）特征。Hypo1 通过 125 个测试集分子进一步验证，实验活性与估计活性之间的相关系数为 0.905。这也使用 CatScramble 方法进行了验证。因此，利用 Hypo1 在 Medichem 数据库中的化合物中搜索新的先导化合物，然后根据限制性估计活性筛选所选化合物。最终，我们获得了30个新的先导候选物，并选择了一个最佳的高活性化合物结构作为先导化合物。